Im Mittelalter bestand Brandenburg aus drei historischen Teilen.
Die Altstadt, die Neustadt und die Dominsel.



Am 27. Mai 1715 vereinigte der preußische König Friedrich Wilhelm I. die beiden Stadtteile von Brandenburg. Die Dominsel bliebt bis 1929 eigenständig.



Nach den Jahren 1750 wurden Spinnerkolonien bei den Vorwerken Bohnenland, Görden, Görisgräben, Wendgräben und der Kolonie Neudorf.



Mitte des 19. Jahrhunderts setzte eine Bebauung außerhalb der mittelalterlichen Stadtbefestigung ein. Die Entwicklung zur Industriestadt geschlossene Wohn- und Industriegebiete. So entwickelten sich die Bahnhofsvorstadt und die Wilhelmsdorfer Vorstadt. Vor der Altstadt entstanden die „Kasernenstadt" und die Neuendorfer Vorstadt.



Ab dem 1. April 1929 - gerade noch rechtzeitig zur Jahrtausendfeier im gleichen Jahr - kam der Gemeindebezirk Dom zur Stadt. 1929 erfolgte auch die Eingemeindung Neuendorfs und 1937 die von Wilhelmsdorf.



In der NS-Zeit entstanden Siedlungen für die Arbeiter der Rüstungsbetriebe: die Walzwerksiedlung, die Siedlungen Hufen und Schlagen auf dem Görden und Neu Schmerzke.



Im Jahr 1952 kamen die Stadt Plaue und die Industriegemeinde Kirchmöser zu Brandenburg. Die Stadt verlor 1952 aber wieder die Gemeinden, die erst 1950 eingemeindet worden waren: Klein Kreutz, Mötzow, Schmerzke und Göttin.



Ab 1959 bzw. 1972 entstanden in Brandenburg zwei große Neubausiedlungen - Nord und Hohenstücken.



1993 kamen die Gemeinden Schmerzke, Göttin, Klein Kreutz, Saaringen und Mahlenzien zur Stadt.



Seit Oktober 2003 gehören Gollwitz und Wust zu Brandenburg an der Havel.



Die Stadt umfasst jetzt eine Fläche von 228,77 km².